序号 | 学生 | 所属学院 | 专业 | 年级 | 项目中的分工 | 成员类型 |
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刘雨桐 | 动物医学院 | 动物药学 | 2020 | 资料收集,参与实验 |
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李正晔 | 动物医学院 | 动物医学 | 2020 | 资料收集,参与实验 |
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朱子怡 | 动物医学院 | 动物医学 | 2020 | 资料收集,参与实验 |
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王怡然 | 动物医学院 | 动物医学 | 2020 | 资料收集,参与实验 |
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序号 | 教师姓名 | 所属学院 | 是否企业导师 | 教师类型 |
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王丽平 | 动物医学院 | 否 |
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我们的创新训练计划项目主要探究大蒜辣素是否会抑制携NDM细菌的活性,从而作为一种新型抑制剂,为治疗CRE感染的临床用药提供新思路。
实验室前期研究发现,大蒜辣素与美罗培南联合使用时,美罗培南对NDM-1阳性大肠杆菌的MIC(最低抑菌浓度)明显下降,90%的NDM-1阳性大肠杆菌的FICI小于0.5,该结果表明两者有协同抑菌作用。
该结果显示大蒜辣素在联合用药时提高了NDM阳性肠杆菌对美罗培南的敏感性,因此推测其通过抑制NDM活性从而发挥作用,具体机制是什么?大蒜辣素对NDM的不同突变体的抑制效果是否有差异?这些问题有待进一步探究。
结合相关研究结果对此我们提出合理的假设:大蒜辣素与NDM-1特定活性位点结合使其酶构象发生改变,从而失去了破坏β-内酰胺环的能力。本研究通过原核表达获得有活性的目的蛋白酶后,测定大蒜辣素对NDM的半数抑制浓度(IC50)及具体竞争方式。最后通过大蒜辣素与NDM的分子对接,明确具体的结合位点并计算结合自由能。从而可以解释大蒜辣素对NDM的抑制机制。
1.碳青霉烯类耐药肠杆菌的危害
细菌耐药已成为全球公共健康领域的重大挑战,其中尤以碳青霉烯类耐药肠杆菌(CRE)引起的感染形势最为严峻[1]。2019年全国细菌耐药监测网(CARSS)数据显示,全国1429所医院临床分离的肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗菌药物的平均耐药率为10.9%,部分省市甚至超过20%,因此探索新的耐药性防控策略成为当务之急[2, 3]。CRE菌株所致感染具有高病死率、高耐药性、高传播性的特点[1]。研究显示,CRE所致侵袭性感染的病死率可达56.7%。CRE菌株通常还携带有对其他抗菌药物耐药的基因,对抗菌药物呈泛耐药甚至全耐药的特征,使临床的抗感染治疗面临无药可用的困境[4]。碳青霉烯类的耐药基因大多数位于可移动基因元件上,导致其很容易在不同肠杆菌科细菌以及其他革兰阴性杆菌间转移,在短时间内可导致大范围的流行[5]。
2.碳青霉烯类抗生素
碳青霉烯类抗生素(Carbapenems)发现于动物来源的链球菌中,是一类非典型超广谱的β-内酰胺类抗生素,具有抗菌谱广、抗菌活性强、对β-内酰胺酶稳定等良好的特性[6]。碳青霉烯类抗生素以碳青霉烯为母核,其分子结构与头孢菌素和青霉素类有较大的差别:其母核的第2和3位碳原子以双键连接,第4位的硫原子被碳原子取代。第一个碳青霉烯类抗生素于1976年发现,在链霉菌的发酵液中被成功提取[7]。尽管此后近80种碳青霉烯类药物被陆续发现和报道,但因其水溶液稳定性差,均不适合应用于临床治疗。随着研究的深入,成功的研发了适合于临床应用的亚胺培南,此后美罗培南、厄他培南、比阿培南等陆续被研发并应用到临床治疗。碳青霉烯类因其具有良好的抗菌活性以及稳定性,被视为治疗多重耐药菌感染的“最后一道防线”。值得注意的是,我国尚未批准碳青霉烯类抗生素应用于兽医临床。
3.碳青霉烯类耐药机制以及碳青霉烯酶的分类
碳青霉烯类抗生素的耐药机制可分为四类,其中最主要的是合成碳青霉烯酶。碳青霉烯酶是耐药菌分泌的一类酶,能够与碳青霉烯类抗生素的β-内酰胺环结合,使环裂解而失去抗菌活性[8]。
碳青霉烯酶可根据Ambler分类法分为A、B、C和D类;按照活性中心的不同又分为丝氨酸类和金属(锌离子)类,A、C、D类为丝氨酸类,B类为金属β-内酰胺类。常见的B类碳青霉烯酶又称为金属β-内酰胺酶(MBLs),包括新德里金属β-内酰胺酶(NDM)、维罗纳整合编码金属酶(VIM)和亚胺培南水解酶(IMP)等[9]。
4.新德里金属β-内酰胺酶的研究现状
NDM最初于2009年在印度新德里一位尿路感染患者尿道分泌物中分离的肺炎克雷伯菌中发现,经分析鉴定该酶为一种新型的MBL,并将其命名为NDM-1[10]。除替加环素和多黏菌素之外,该菌株能分解所有抗生素,故被称为“超级细菌”。短短几年内NDM-1在全球范围内呈爆发式的检出,且不断产生水解能力和转移能力更强大的新型突变体,其中我国畜禽动物中流行的突变体主要为NDM-5、NDM-9[11]。
blaNDM-1基因的开发阅读框包含807 bp, GC含量57%,编码产物新德里金属β-内酰胺酶由269个氨基酸组成,分子量为27.5
KDa,等电点为6.9。蛋白质的晶体结构显示,该酶由5个α-螺旋和12个β-折叠组成,活性中心有两个Zn2+结合位点,分别与His120、122、189和Asp124、Cys208、His250配位结合[12]。
NDM是一种新发现的金属β-内酰胺酶,能水解碳青霉烯、头孢菌素、青霉素在内的绝大多数抗生素,对人类健康和卫生安全构成极大威胁[13]。然而目前临床上常见的β-内酰胺酶抑制剂如克拉维酸、舒巴坦等对NDM无效,无法治疗耐药菌引发的感染,因此研发新型NDM抑制剂显得尤为重要。
5.大蒜辣素药理作用研究进展
大蒜的应用历史悠久,有“药用植物黄金”的美称。大蒜辣素是药用大蒜的主要有效成分,当大蒜组织破碎时其中的蒜氨酸及蒜酶互相接触发生一系列催化裂解而产生[14]。大蒜辣素(Allicin,二烯丙基硫代亚磺酸酯)亦称蒜辣素,1944年首先由Cavallito等[15]从大蒜中分离得到,从而开启了大蒜辣素近几十年的研究。目前国际上公认的大蒜主要活性成分为大蒜辣素,欧洲及美国药典均将大蒜辣素及蒜氨酸作为大蒜的质控标准[14]。
现代医学证明大蒜辣素有多种药理作用,其中就包括抗细菌微生物[16]。其抑制机制是硫代亚磺酸酯中的氧原子发挥吸电子作用,产生一个亲电子硫中心,易与细菌合成蛋白的硫醇基团反应,从而抑制或破坏细菌基本代谢。
参考文献
[2] 胡付品, 朱德妹. 医疗机构碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌感染防控指南简介[J]. 中国感染与化疗杂志, 2018,18(03):331-335.
[3] 胡付品, 郭燕, 朱德妹, 等. 2019年CHINET三级医院细菌耐药监测[J]. 中国感染与化疗杂志, 2020,20(03):233-243.
[6] 刘志海. 畜禽源碳青霉烯耐药菌新型金属β-内酰胺酶变异体耐药机制研究[D]. 中国农业大学, 2018.
[7] 武明芬, 赵志刚. 青霉烯类及碳青霉烯类抗生素的结构特点与分级管理建议[J]. 药学服务与研究, 2021,21(03):193-199.
[9] Wang Z, Fast W, Benkovic S J.
On the Mechanism of the Metallo-β-lactamase from Bacteroides fragilis[J]. Biochemistry (Easton),
1999,38(31):10013-10023.
[11] 孙影, 陈佳鑫, 石诚, 等. 新德里金属-β-内酰胺酶的流行现状与水解机制分析[J]. 国外医药(抗生素分册), 2018,39(02):99-104.
[14] 易小翠, 李娜, 陈春林. 大蒜辣素药理作用研究进展[J]. 宜春学院学报, 2019,41(09):19-22.
碳青霉烯类抗生素发现于动物来源的链球菌中,是一类非典型超广谱的β-内酰胺抗生素,具有抗菌谱广,抗菌活性强,对β-内酰胺酶稳定等良好的特性。而目前已经出现了对碳青霉烯类抗生素的耐药性细菌,这些细菌会产生碳青霉烯酶(β-内酰胺酶),分解掉抗生素。而这种耐药性细菌还没有有效的方式进行抑制,因此,我们的研究目标就是找到可以抑制β-内酰胺酶的物质。
大蒜辣素的选择:大蒜中含有多种化学物质,其中蒜辣素对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌有强大的杀菌作用,紫皮蒜的抗菌作用较白皮蒜为强。紫皮蒜汁低浓度对痢疾杆菌有抑制作用;高浓度则可杀菌。大蒜汁液经加热处理后,有效成分即被破坏,故大蒜杀菌以生用为佳。高浓对结核杆菌也有抑制现象,但对绿脓杆菌及变形杆菌用 0.5%的最高浓度大蒜汁,亦无抑制作用。此外,对皮肤真菌、念珠状菌、立克次体、阿米巴原虫、阴道滴虫,均有杀灭作用。我们在发现大蒜辣素对细菌耐药性的抑制作用后,认为可以从中可以找到大蒜辣素的作用机理以及对其他耐药性突变是否有相同的作用,从而获得更有价值的药用化学物质。
1.技术路线
2.拟解决的问题
前期研究结果显示大蒜辣素在联合用药时提高了NDM阳性肠杆菌对美罗培南的敏感性,推测其通过抑制NDM活性从而发挥作用,具体机制是什么?大蒜辣素对NDM的不同突变体的抑制效果是否有差异?这些问题有待进一步探究。
3.预期结果
结合相关研究结果对此我们提出合理的假设:大蒜辣素与NDM特定活性位点结合使其酶构象发生改变,从而失去了破坏β-内酰胺环的能力。并且我们猜测大蒜辣素对不同NDM突变体如NDM-5、NDM-9也会表现出不同的抑制效果。本研究通过原核表达获得有活性的目的蛋白酶后,测定大蒜辣素对NDM的半数抑制浓度(IC50)及具体竞争方式。最后通过大蒜辣素与MBLs的分子对接,明确具体的结合位点并计算结合自由能。
阶段 |
工作项目 |
对应日期 |
第一阶段 |
查找相关文献,学习技能,制定试验计划及细菌分离鉴定 |
2022.01~2022.04 |
第二阶段 |
NDM的原核表达及纯化 |
2022.05~2022.12 |
第三阶段 |
NDM的酶动力学参数的测定 |
2022.12~2023.01 |
第四阶段 |
大蒜辣素的抑制活性评价及分子对接分析 |
2023.01~2023.03 |
第五阶段 |
试验数据进行整理分析及投稿期刊 |
2023.04~2023.05 |
第六阶段 |
撰写论文 |
2023.05~2023.06 |
本实验室前期研究发现,大蒜辣素与美罗培南联合使用时,美罗培南对NDM-1阳性大肠杆菌的MIC明显下降,90%的NDM-1阳性大肠杆菌的FICI小于0.5,该结果表明两者有协同抑菌作用。
我们已经对课题确定了整体的研究方向,实验室设备、实验所用器材较为齐全。
小组成员理论基础知识尚不扎实,且缺少进入实验室的经验,对实验器材的使用不够熟悉。分子对接技术尚不完善,与相关企业合作但并无成果。对大蒜辣素如何抑制细菌耐药性的机制还无思路。
开支科目 | 预算经费(元) | 主要用途 | 阶段下达经费计划(元) | |
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前半阶段 | 后半阶段 | |||
预算经费总额 | 30000.00 | 科研全部费用 | 20500.00 | 9500.00 |
1. 业务费 | 18500.00 | 无 | 10500.00 | 8000.00 |
(1)计算、分析、测试费 | 15000.00 | 引物合成、测序 | 10000.00 | 5000.00 |
(2)能源动力费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
(3)会议、差旅费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
(4)文献检索费 | 500.00 | 收集、查询资料 | 500.00 | 0.00 |
(5)论文出版费 | 3000.00 | 论文发表的版面费 | 0.00 | 3000.00 |
2. 仪器设备购置费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
3. 实验装置试制费 | 0.00 | 无 | 0.00 | 0.00 |
4. 材料费 | 11500.00 | 购买生化试剂、耗材等 | 10000.00 | 1500.00 |